ãîäû ãðàæäàíñêîé âîéíû, à òî÷íåå â êîíöå 1919 ã., â ñâÿçè ñ îòñòóïëåíèåì Äîíñêîé Áåëîé àðìèè ê Íîâîðîññèéñêó, â ñïåøíîì ïîðÿäêå áåç îïèñè áûëè çàêîëî÷åíû â ÿùèêè è âûâåçåíû ìíîãèå öåííûå ýêñïîíàòû Äîíñêîãî ìóçåÿ è Äîíñêîãî àðõèâà. Ìóçåéíûé àðõèâ ïðåòåðïåë ìíîãî çëîêëþ÷åíèé, â òîì ÷èñëå è ãðàáåæ.
 ñîâåòñêîå âðåìÿ ìóçåé ïåðåøåë íà ñáîð è âûñòàâêó ýêñïîíàòîâ «ñîöèàëèñòè÷åñêîãî ðåàëèçìà», ðåâîëþöèè è ãðàæäàíñêîé âîéíû íà Äîíó, ýêîíîìè÷åñêîãî ðàçâèòèÿ Äîíà, ïîêàçà æèçíè è áûòà «êðàñíîãî êàçà÷åñòâà».
Ïåðåä íà÷àëîì Âåëèêîé Îòå÷åñòâåííîé âîéíû â 1941 ã. ìóçåé ïðåîáðàçîâàëè èç Äîíñêîãî â Îáëàñòíîé (è åäèíñòâåííûé â ìèðå) ìóçåé èñòîðèè äîíñêîãî êàçà÷åñòâà. Âî âðåìÿ îêêóïàöèè íåìöû âûâåçëè ÷àñòü ýêñïîíàòîâ, â òîì ÷èñëå ðÿä êàðòèí èçâåñòíûõ çàïàäíîåâðîïåéñêèõ õóäîæíèêîâ.
×àñòü ýêñïîíàòîâ, âûâåçåííûõ â ãðàæäàíñêóþ âîéíó, óäàëîñü âåðíóòü èç Ïðàãè òîëüêî â 1947 ã.
 äåêàáðå 1999 ã. îòìå÷àëîñü 100-ëåòèå ñî äíÿ îñíîâàíèÿ è îòêðûòèÿ Äîíñêîãî ìóçåÿ (äèðåêòîð Ñåäèíêî Ñâåòëàíà Àëåêñååâíà). Ê ýòîìó âðåìåíè áûë ïðîâåäåí êîñìåòè÷åñêèé ðåìîíò çäàíèÿ è îáíîâëåíà ÷àñòü ýêñïîçèöèé ìóçåÿ, âûïóùåíû þáèëåéíûå ìàòåðèàëû.
 íàñòîÿùåå âðåìÿ Íîâî÷åðêàññêèé ìóçåé èñòîðèè äîíñêîãî êàçà÷åñòâà ïðåäñòàâëÿåò ñîáîé ñëîæèâøèéñÿ ìóçåéíûé êîìïëåêñ, êîòîðûé ñîäåðæèò â ñâîèõ ôîíäîõðàíèëèùàõ ðåëèêâèè äîíñêîãî êàçà÷åñòâà, ñâÿçàííûå ñ ëó÷øèìè òðàäèöèÿìè êàçàêîâ. Åãî áîãàòåéøàÿ êîëëåêöèÿ íå èìååò àíàëîãîâ â ìèðå è íàñ÷èòûâàåò 115 òûñÿ÷ ýêñïîíàòîâ.