Íîâî÷åðêàññê áûë îñíîâàí 18 (30 ìàÿ) 1805 êàê ñòîëèöà äîíñêîãî êàçà÷åñòâà, îñíîâàòåëåì ãîðîäà áûë àòàìàí Ìàòâåé Ïëàòîâ. Äî ýòîãî ñòîëèöà ðàñïîëàãàëàñü â ×åðêàññêå (íûíå ñòàíèöà Ñòàðî÷åðêàññêàÿ).
Íåîáõîäèìîñòü ïåðåíîñà ñòîëèöû âûçûâàëàñü ìíîãèìè ýêîíîìè÷åñêèìè, ñîöèàëüíî-ïîëèòè÷åñêèìè è äàæå ýêîëîãè÷åñêèìè ïðè÷èíàìè.
Îäíîé èç íèõ ÿâëÿëîñü ïðàêòè÷åñêè åæåãîäíîå äëèòåëüíîå çàòîïëåíèå ×åðêàññêà âîäàìè ðàçëèâàþùåãîñÿ âåñíîé Äîíà.  êà÷åñòâå çàùèòû îò íàâîäíåíèé áûëà ïðåäïðèíÿòà ïîïûòêà âîçâåñòè ïî ïðîåêòó Àíòîíèÿ Ëþäâèãà äå Ðîìàíî çàùèòíûé çåìëÿíîé âàë, íî ñòðîèòåëüñòâî åãî çàâåðøèëîñü âñëåäñòâèå äîðîãîâèçíû è íåíà䏿íîñòè. Äðóãîé ïðè÷èíîé ñòàëè ÷àñòûå ïîæàðû â ïðåæíåé êàçà÷üåé ñòîëèöå, ïîñòðîåííîé õàîòè÷íî, áåç ãåíåðàëüíîãî ïëàíà, â îãíå êîòîðûõ âûãîðàëî äî ïîëîâèíû ñêó÷åíî âûñòðîåííûõ äåðåâÿííûõ ñòðîåíèé. Êðîìå òîãî, ê ×åðêàññêó îòñóòñòâîâàëè íà䏿íûå ñóõîïóòíûå ïîäúåçäíûå ïóòè.
Íåñìîòðÿ íà òî, ÷òî 10 èç 11 ïðåäñòàâèòåëåé ñòàíèö, âõîäèâøèõ â ñîñòàâ ×åðêàññêîãî ãîðîäêà, íà Êàçà÷üåì êðóãå îòêàçàëèñü ïåðåíîñèòü ñòîëèöó, Ïëàòîâ âñ¸ æå ñäåëàë ïðåäñòàâëåíèå èìïåðàòîðó ñ ïðîñüáîé ðàçðåøèòü ïåðåíåñòè ×åðêàññê â äðóãîå ìåñòî. Ðàçðåøåíèå áûëî äàíî â âûñî÷àéøåì óêàçå Àëåêñàíäðà I îò 23 àâãóñòà 1804 ãîäà.
Âñêîðå íà Äîí ïðèáûë èìåâøèé áîãàòûé îïûò ãðàäîñòðîèòåëüñòâà èíæåíåð ãåíåðàë-ëåéòåíàíò Ô. Ï. Äåâîëàí ñ ïîðó÷åíèåì öàðÿ: âìåñòå ñ Ïëàòîâûì âûáðàòü ìåñòî äëÿ áóäóùåé ñòîëèöû Çåìëè Âîéñêà Äîíñêîãî è ñîñòàâèòü ïëàí íîâîãî ãîðîäà. Êîìèññèÿ èç 12 ÷åëîâåê îñìîòðåëà ðÿä ìåñò: àêñàéñêèå è ÷åðêàññêèå ãîðû, ðàéîíû ñòàíèö Çàïëàâñêîé, Ìàíû÷ñêîé è äð. Ÿ âíèìàíèå ïðèâëåêëî óðî÷èùå Áèðþ÷èé Êóò («âîë÷üå ëîãîâî») — âîçâûøåííîñòü, îïîÿñûâàåìàÿ ðå÷êàìè Òóçëîâîì è ðóêàâîì Äîíà Àêñàåì, âûãîäíî ãîñïîäñòâîâàâøàÿ íàä îêðóæàþùåé ñòåïüþ, ÷òî áûëî íåìàëîâàæíî äëÿ îáîðîíû â ñëó÷àå íàïàäåíèÿ ïðîòèâíèêà. Ýòî ìåñòî áûëî ðåøåíî ðåêîìåíäîâàòü öàðþ.
7 íîÿáðÿ 1804 ãîäà Äåâîëàí è Ïëàòîâ ïðåäñòàâèëè èìïåðàòîðó íà ðàññìîòðåíèå ïëàí áóäóùåãî ãîðîäà è îáøèðíûé äîêëàä, â êîòîðîì ÿâíî ïðèóêðàøèâàëèñü äîñòîèíñòâà âûáðàííîé äëÿ ñòðîèòåëüñòâà ìåñòíîñòè. Ãîðîä áûë ñïðîåêòèðîâàí â ëó÷øèõ òðàäèöèÿõ åâðîïåéñêèõ îáðàçöîâ ãðàäîñòðîèòåëüñòâà, ñ ïðîñòîðíûìè ïëîùàäÿìè, øèðîêèìè ïðîñïåêòàìè è óòîïàþùèìè â çåëåíè áóëüâàðàìè. Äåâîëàí, íàçâàâ áóäóùèé Íîâî÷åðêàññê «ìàëåíüêèì Ïàðèæåì», ïîëîæèë â ëîãè÷åñêóþ îñíîâó ãîðîäà ïëîùàäè, íà êàæäîé èç êîòîðûõ äîëæíà áûëà ñòîÿòü öåðêîâü, à îò êàæäîé èç ïëîùàäåé ðàäèàëüíî îòõîäèòü óëèöû. 31 äåêàáðÿ 1804 ãîäà, ðàññìîòðåâ ïëàí è äîêëàä Ïëàòîâà è Äåâîëàíà, Àëåêñàíäð I ñîáñòâåííîðó÷íî íà÷åðòàë: «Áûòü ïî ñåìó. Àëåêñàíäð.».
18 (30 ìàÿ) 1805 ãîäà â äåíü âåëèêîãî ïðàâîñëàâíîãî ïðàçäíèêà Âîçíåñåíèÿ Ãîñïîäíÿ ñîñòîÿëîñü èñòîðè÷åñêîå òîðæåñòâî çàêëàäêè íîâîé ñòîëèöû Äîíà è âîéñêîâîãî õðàìà. Ïî ïðèêàçó Ïëàòîâà ïðåäñòàâèòåëè áîëåå 30 ñòàíèö ñî çíàì¸íàìè è âîéñêîâûìè ðåãàëèÿìè áûëè âûçâàíû äëÿ ó÷àñòèÿ â öåðåìîíèè.  öåëÿõ ñîõðàíåíèÿ ñâèäåòåëüñòâ îá ýòîì ñîáûòèè, èç êàæäîé ñòàíèöû ïðèñóòñòâîâàëî ïî òðè ïîäðîñòêà. Ïëóãàìè áûëè ïðîëîæåíû áîðîçäû, îòìå÷àâøèå ïåðâûå ïðîñïåêòû, óëèöû è ïåðåóëêè. Ñîñòîÿëàñü çàêëàäêà ñîáîðà, çàòåì — ãîñòèíîãî äâîðà, Âîéñêîâîé êàíöåëÿðèè è ãèìíàçèè.  ñïåöèàëüíî ñîîðóæ¸ííîì ñêëåïå ïîä ñîáîðîì çàìóðîâàëè «ñðåáðîïîçëàùåííóþ äîñêó» ñ ïîçîëî÷åííûì ãåðáîì Âîéñêà Äîíñêîãî, à òàêæå çîëîòûå è ñåðåáðÿíûå ìîíåòû ÷åêàíêè 1805 ãîäà.
Òåêñò íà ïëàñòèíå ãëàñèë: «Ãîðîä âîéñêà Äîíñêîãî èìÿíóåìûé Íîâûé ×åðêàññê, îñíîâàí â öàðñòâîâàíèå Ãîñóäàðÿ Èìïåðàòîðà è ñàìîäåðæöà Âñåðîññèéñêîãî Àëåêñàíäðà Ïåðâîãî, ëåòà îò Ðîæäåñòâà Õðèñòîâà 1805 ìàÿ 18 äíÿ, êîòîðûé äî ñåãî äíÿ ñóùåñòâîâàë 235 ëåò ïðè áåðåãå Äîíà íà îñòðîâå îò ñåãî ìåñòà ïðÿìî íà þã ðàçñòîÿíèåì â 20 âåðñòàõ ïîä íàçâàíèåì ×åðêàññêà».
Ïðàçäíè÷íî óñòðîåííûé ïåðååçä â Íîâûé ×åðêàññê ñîñòîÿëñÿ 9 ìàÿ 1806 ãîäà. Ïóøå÷íûì ñàëþòîì ïðîâîæàë Ñòàðûé ×åðêàññê òîðæåñòâåííóþ ïðîöåññèþ â íîâóþ ñòîëèöó. Íîâûé ×åðêàññê âñòðåòèë ïåðâûõ ïåðåñåëåíöåâ âî ãëàâå ñ Âîéñêîâûì Àòàìàíîì Ì. È. Ïëàòîâûì 101 ïóøå÷íûì âûñòðåëîì. Ñîñòîÿëñÿ èñòîðè÷åñêèé àêò ïðååìñòâåííîé ïåðåäà÷è áîåâûõ, êóëüòóðíûõ, íðàâñòâåííûõ è èíûõ òðàäèöèé Äîíñêîãî êàçà÷åñòâà îò æèòåëåé ïðåæíåé ñòîëèöû íîâîé.
Ñòðîèòåëüñòâî ãîðîäà øëî ìåäëåííî, ïðåæäå âñåãî èç-çà íåæåëàíèÿ êàçàêîâ ïîêèäàòü îáæèòûå ìåñòà, äà ê òîìó æå íîâàÿ ñòîëèöà íàõîäèëàñü â 20 êì îò Äîíà, ñ êîòîðûì êàçàêè áûëè òåñíî ñâÿçàíû íà ïðîòÿæåíèè âñåé ñâîåé èñòîðèè, èç-çà ýòîãî áûëè äàæå ïëàíû óãëóáèòü Àêñàé (ðóêàâ Äîíà), íà áåðåãó êîòîðîé ðàñïîëàãàëñÿ íîâûé ãîðîä, ôàêòè÷åñêè ïðåäïîëàãàëîñü ïóñòèòü Äîí ïî äðóãîìó ðóñëó, íî èç-çà íåäîñòàòêà ñðåäñòâ ýòîò ïëàí íå áûë îñóùåñòâë¸í, è áîëåå òð¸õ äåñÿòèëåòèé âîïðîñ î ìåñòå ñòîëèöû Çåìëè Âîéñêà Äîíñêîãî îñòàâàëñÿ íåðåø¸ííûì.  1837 ãîäó óæå êàçàëîñü, ÷òî âîñòîðæåñòâîâàë ïðîåêò ïåðåíîñà ñòîëèöû â ñòàíèöó Àêñàéñêóþ, êîòîðàÿ òàêæå íàõîäèëàñü íà âîçâûøåííîñòè, íî ïðèìûêàëà ê Äîíó. Îäíàêî â 1837 ãîäó èìïåðàòîð Íèêîëàé I ëè÷íî îñìîòðåë Íîâî÷åðêàññê è ñòàíèöó Àêñàéñêóþ è ïîñëå âîçâðàùåíèÿ â Ñàíêò-Ïåòåðáóðã ïîâåëåë ñîõðàíèòü ñòîëèöó íà ïðåæíåì ìåñòå, èç-çà òðóäíîñòåé è áåñïîëåçíîñòè å¸ ïåðåíîñà.
 ïåðâîé ïîëîâèíå XIX âåêà ãîðîä ñòðîèëñÿ òîëüêî êàê âîéñêîâîé öåíòð, çäåñü ðàñïîëàãàëèñü àäìèíèñòðàòèâíûå çäàíèÿ, ãîñòèíûå äâîðû, òðàêòèðû, âèííûå ïîãðåáà, ãîñòèíèöû, äîìà ãåíåðàëîâ è äâîðÿí, ãîðîäñêèå ñàäû è òàê äàëåå, òîëüêî â 1850-õ ãîäàõ â Íîâî÷åðêàññêå ïîÿâèëèñü ïðîìûøëåííûå ïðåäïðèÿòèÿ, îäíàêî íà âñåõ ýòèõ ïðîèçâîäñòâàõ ðàáîòàëî ìåíåå 1000 ÷åëîâåê ïðè ïî÷òè 20-òûñÿ÷íîì íàñåëåíèè Íîâî÷åðêàññêà.
Íàêàíóíå ðåâîëþöèè â Íîâî÷åðêàññêå ïðîæèâàëî îêîëî 60 òûñÿ÷ ÷åëîâåê. Îêîëî ïîëîâèíû (áîëåå 25 òûñÿ÷ ÷åëîâåê) ñîñòàâëÿëî ñëóæèâîå êàçà÷åñòâî ñ ñåìüÿìè. Äâîðÿíå — îêîëî 3 òûñÿ÷ ÷åëîâåê, ëèöà äóõîâíîãî çâàíèÿ — áîëåå 500 ÷åëîâåê. Êóïöîâ è êðåñòüÿí ïðàêòè÷åñêè íå áûëî.
 ãîäû Ãðàæäàíñêîé âîéíû Íîâî÷åðêàññê ñòàë îäíèì èç öåíòðîâ áåëîãî äâèæåíèÿ è ìåñòîì óêðûòèÿ äëÿ âñåõ êòî íå õîòåë ñìèðèòüñÿ ñ çàõâàòîì âëàñòè áîëüøåâèêàìè. Çà ýòî âðåìÿ íàñåëåíèå ãîðîäà âûðîñëî ïî÷òè â äâà ðàçà è ñîñòàâèëî áîëåå 100 òûñÿ÷ ÷åëîâåê. Êàçàêè ïîä ðóêîâîäñòâîì àòàìàíà Êàëåäèíà ïðåäïî÷ëè çàíÿòü íåéòðàëèòåò, îáîñîáèâøèñü îò Ñîâåòñêîé âëàñòè ñîçäàíèåì íåçàâèñèìîé Äîíñêîé îáëàñòè ñ öåíòðîì â Íîâî÷åðêàññêå. Îäíàêî ïîä ðóêîâîäñòâîì Ëàâðà Êîðíèëîâà è ãåíåðàëà Ìèõàèëà Àëåêñååâà â Íîâî÷åðêàññêå áûëà ñôîðìèðîâàíà Äîáðîâîëü÷åñêàÿ àðìèÿ. Íà ïðîòÿæåíèè âñåé âîéíû Íîâî÷åðêàññê íåñêîëüêî ðàç ïåðåõîäèë òî ê áîëüøåâèêàì, òî ê áåëîãâàðäåéöàì.
8 ÿíâàðÿ 1920 ãîäà Íîâî÷åðêàññê îêîí÷àòåëüíî ïåðåø¸ë â ðóêè ê áîëüøåâèêàì, ïîòåðÿâ ñòàòóñ ñòîëèöû Äîíñêîãî êàçà÷åñòâà.
Ëåòîì—îñåíüþ 1941 ãîäà, èç-çà ñòðåìèòåëüíîãî íàñòóïëåíèÿ íåìöåâ, áûëè ýâàêóèðîâàíû áîëüøèíñòâî ïðåäïðèÿòèé è çàìîðîæåíû ñòðîéêè íîâûõ îáúåêòîâ (íàïðèìåð, ãîðîäñêîãî òðàìâàÿ), îäíàêî îñåíüþ 1941 ãîäà íåìåöêèå âîéñêà íåîæèäàííî îòñòóïèëè, è òîëüêî ëèøü 25 èþëÿ 1942 ãîðîä áûë âíîâü çàíÿò íåìöàìè. Íîâî÷åðêàññê ñòàë öåíòðîì ôîðìèðîâàíèÿ Êàçà÷üåãî Ñòàíà — âîåííîãî ôîðìèðîâàíèÿ íà ñòîðîíå Âåðìàõòà. Íîâî÷åðêàññê áûë îòâî¸âàí ñîâåòêèìè âîéñêàìè 13 ôåâðàëÿ 1943 ãîäà.
 1962 â ãîðîäå ïðîèçîøëî ìàññîâîå âûñòóïëåíèå æèòåëåé, êîòîðîå áûëî æåñòîêî ïîäàâëåíî êîììóíèñòè÷åñêèìè âëàñòÿìè.
5—6 îêòÿáðÿ 1991 ñîñòîÿëñÿ Áîëüøîé Êðóã Ñîþçà êàçàêîâ Îáëàñòè Âîéñêà Äîíñêîãî, íà êîòîðîì çà Íîâî÷åðêàññêîì çàêðåïèëè ñòàòóñ èñòîðè÷åñêîãî è ñîâðåìåííîãî öåíòðà äîíñêîãî êàçà÷åñòâà.
17—18 èþëÿ 1993 â Ìîñêâå ïðîø¸ë Îáúåäèí¸ííûé Âåðõîâíûé Êðóã êàçà÷üèõ âîéñê Ðîññèè è Çàðóáåæüÿ, â ðåçóëüòàòå êîòîðîãî Íîâî÷åðêàññê áûë ïðîâîçãëàø¸í âñåìèðíîé ñòîëèöåé êàçà÷åñòâà.