История города Аксай чрезвычайно богата. К западной окраине Аксая примыкает одно из древнейших городищ на Нижнем Дону - Кобяково. На этом месте уже во втором тысячелетии до н.э. селились люди.
Здесь разбивал свой стан половецкий хан Кобяк, пленивший русского князя Игоря Новгород-Северского, что было запечатлено в "Слове о полку Игореве"; именно на Кобяковом городище, как гласит легенда, томился князь в плену. Во время археологических раскопок тут были обнаружены: амулеты из Египта, амфоры из Малой Азии, изделия из балтийского янтаря, боспорские броши. В Эрмитаже хранятся найденные в Кобяковом городище половецкие шлемы - русичи называли их шишаками.
Расположенный в пограничной полосе казачий городок (один из первых на Дону), основанный во второй половине XVI в. донскими казаками (впервые упоминается в 1569) как станица Усть-Аксайская, неоднократно подвергался разорительным набегам со стороны турок, крымских татар и ногайцев. Первоначально именно сюда, а не в Новочеркасск, планировалось перевести новую столицу Войска Донского.
В годы Великой Отечественной войны в 1941-1943 гг. станица Аксайская была дважды оккупирована немецко-фашистскими захватчиками. На ее территории шли ожесточенные бои. Летом 1942 года зенитная батарея 3-го дивизиона 485 артиллерийского полка прикрывала эвакуацию мирных жителей через реку Дон. В память об этих событиях в 1985 году здесь открыт памятник «Переправа».
23 декабря 1957 г. станица Аксайская получила статус города. Заметим, что название Аксай происходит от татарского "Ак-су", что означает "белая вода". Добываемая в черте города живительная минеральная вода "Аксу" своими свойствами и вкусовыми качествами известна далеко за пределами области.
В городе работает Краеведческий музей, Музейные комплексы «Таможенная застава», «Почтовая станция», упоминания о которых зафиксированы в произведениях А.С. Пушкина, Военно-исторический комплекс, домик Суворова. Все эти объекты объединены в «Аксайский военно-исторический музей».